Η ΠΕΝΕΕΚ είναι ο επίσημος φορέας των Ευαγγελικών Εκκλησιών της Κύπρου που αντιπροσωπεύει και προωθεί τα συμφέροντα των Ευαγγελικών Χριστιανών ενώπιον της Κυπριακής Δημοκρατίας και της πολιτείας γενικότερα.
Η ΠΕΝΕΕΚ είναι σύμβολο ενότητας ανάμεσα στις Εκκλησίες προσεγγίζοντας την Κυπριακή κοινωνία με το Ευαγγέλιο σε λόγο και πράξη και μ’ αυτό τον τρόπο γίνεται ένα ουσιαστικό και θετικό μέρος της. Είναι εγγεγραμμένη και λειτουργεί σύμφωνα με τους νόμους της Κυπριακής Δημοκρατίας.
Οι Εκκλησίες που γίνονται μέλη της ΠΕΝΕΕΚ εκπληρούν την εντολή του Κύριου Ιησού Χριστού όπως αναγράφεται στο Ευαγγέλιο του Ιωάννη 13:34-35:
«Μια καινούργια εντολή σας δίνω: Να αγαπάτε ο ένας τον άλλον∙ όπως εγώ σας αγάπησα, κι εσείς να αγαπάτε ο ένας τον άλλο».